Die
altsteinzeitliche Abteilung
im Erdgeschoss des Kirchhoferhauses geht zurück auf die
Forschertätigkeit von Dr. Emil Bächler (1868 –
1950). Die 1969 neu eingerichtete Ausstellung zeigt Knochen
von Höhlenbären und anderen Tieren der Altsteinzeit
sowie Steinwerkzeuge aus den drei ostschweizerischen Höhlen
Wildkirchli, Wildenmannlisloch und Drachenloch. Diese drei alpinen
Wohnhöhlen waren vermutlich vor 70'000 bis 35'000 Jahren
Sommerjagdstationen der altsteinzeitlichen Menschen.
Prunkstück
ist das fast vollständige Skelett
eines Höhlenbären aus der Wildkirchlihöhle.
Steinwerkzeuge aus Frankreich und verschiedene prähistorische
Menschenschädel runden das urgeschichtliche Ausstellungsgut
im Erdgeschoss ab. 
Mittelpunkt
im ersten Stock des Kirchhoferhauses ist der neuklassizistische
ehemalige Musiksalon. Die Silbersammlung
von Commendatore Giovanni Züst (1887 – 1976) zeigt
hauptsächlich Trink- und Tafelgeschirr des 17. und 18.
Jahrhunderts. Gefertigt wurden die kostbaren Silberarbeiten
von Silberschmieden in Basel, Bern, Neuenburg, Sitten, Winterthur,
Zürich und Zug sowie Augsburg und Nürnberg.
Das
Münzkabinett
orientiert über die Geschichte des Geldwesens der Abtei,
der Stadt und des Kantons St.Gallen. Eine numismatische Rarität
stellt die Sammlung von Werner Burgauer (1917 – 1982)
dar, welche eidgenössische Goldmünzen, Schützentaler
und Gedenkmünzen, darunter Probe- und Fehlprägungen
umfasst. 
Aus
den Beständen des Kunstmuseums werden im ganzen Haus
bedeutende Gemälde
des 19. Jahrhunderts aus Deutschland und Frankreich
sowie Werke von Ostschweizer Künstlern vom 17. Jahrhundert
bis in die Gegenwart gezeigt.

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